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置顶 · 薛良交-南京林业大学林学院
2019-11-6 20:06
http://linxue.njfu.edu.cn/sz/ShowJs.asp?id=358 http://linxue.njfu.edu.cn/info.php?cid=117 姓名: 薛良交 系别: 林木遗传育种系 职务: 教师 类别: 教授 最终学历: 博士研究生 最终学位: 理学博士 办公电话: 电子邮箱: lxue@njfu.edu.cn 教育经历: ...
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欢迎2022年推免生联系 方向:生物信息学、功能基因组学
薛良交 2021-8-22 08:40
酒香不怕巷子深,实际是一种升维的思路。 巷子是路的阻碍,可以是理解成二维的阻隔。香气是三维空间的信息传递,降维打击、无往不胜。 所以要多渠道宣传,才能实现效果。 这是我们实验室的简介链接: https://linxue.njfu.edu.cn/szdw/js/20210329/i207424.html 研究领域: 林木功能基因组学、林木生物 ...
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生物信息学学什么
薛良交 2019-12-9 22:49
最近一直在思考生物信息学学什么这个问题,怕误人子弟。我个人从实验生物学转到生物信息学是走了不少弯路,希望我的学生们能少走一些。虽然,弯路是通往成功的必经之路。 之前看到这样一个公式: 问题+方法=论文 觉得有一些道理,所以生物信息学的学习也应该包括两个方面:问题和方法。 问题:可以 ...
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Racon安装(基因组组装)
薛良交 2019-5-13 22:24
答案: conda install -c bioconda racon Racon是一个基于minimap和miniasm的,构建一致性序列(consensus)的一款软件,速度快是其特点。 一般这样就可以了。 # Install minimap and miniasm (requiring gcc and zlib) git clone https://github.com/lh3/minimap (cd minimap make) git c ...
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PacBio数据处理中chemistry 组合错误
薛良交 2018-3-17 07:05
运行PacBio的软件时, 有时会得到这样的错误信息“unsupported sequencing chemistry combination ”。 这是由于软件对特定的数据不支持造成的。解决方法如下: 1. 下载补丁包 https://blog.ngsgo.com/archives/2767.html 2. 下载最新的 chemistry文件: https://github.com/PacificBiosciences/pbcore/blob/mas ...
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How to covert snp file from MUMmer into VCF format
薛良交 2016-9-1 05:47
How to covert snp file from MUMmer into VCF format By Liangjiao Xue MUMmer is a traditional software to compare two genomes or assemblies. One SNP table could be generated with show- snps tool, which also includes Indel information. Generally, VCF format is more popular currently. So, we ne ...
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第三代测序的组装方法(PacBio)
薛良交 2015-12-12 12:14
PacBio最近有不俗的表现,发了些好文章,股价也节节攀升。 作为生物信息学工作者,咱就关注一下PacBio的数据是如何组装的。做些知识储备。 这里有组装策略的总结: https://github.com/PacificBiosciences/Bioinformatics-Training/wiki/Large-Genome-Assembly-with-PacBio-Long-Reads 主要有四种:1)PacBio-on ...
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高影响因子的论文都是用哪写单词写成的?
热度 1 薛良交 2015-6-13 10:15
写了个程序,提取了近十年Cell, Nature, Science, Plant Cell 摘要中的单词,去除了长度小于等于2的字符后,约有9万个单词。 有哪些不会用?补课吧。 (单词可以根据杂志中的词频排序。) word_of_abstract.txt
个人分类: Bioinformatics|1882 次阅读|1 个评论 热度 1
R语言加速
薛良交 2015-5-5 21:26
发现不少人写了介绍: 英文版: http://www.r-bloggers.com/faster-higher-stonger-a-guide-to-speeding-up-r-code-for-busy-people/ 中文版: http://www.seekingqed.com/programming/r/accelerate_r 总结一下: 运行速度,Rcpp Parallel Processing compiler 编程所花时间,也是这个顺序。 ...
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