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PacBio数据处理中chemistry 组合错误

已有 3607 次阅读 2018-3-17 07:05 |个人分类:Bioinformatics|系统分类:科研笔记| PacBio

运行PacBio的软件时, 有时会得到这样的错误信息“unsupported sequencing chemistry combination ”。 这是由于软件对特定的数据不支持造成的。解决方法如下:


1. 下载补丁包

https://blog.ngsgo.com/archives/2767.html


2. 下载最新的 chemistry文件:

https://github.com/PacificBiosciences/pbcore/blob/master/pbcore/chemistry/resources/mapping.xml

改名为chemistry.xml


3.  将2中的文件替换1中的对应文件,并将文件夹上传到服务器。


4. 设置

cd /xxxx/tools/smrtlink/chemistry

export SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR="${PWD}"









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