需要安装SRA toolkit:

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=std

以下主要是在linux系统中的操作。

再根据所查到的每一个run的序号，如SRR**(或DRR**)下载数据，可以利用命令prefetch SRR**,需要注意的是，必须是 SRR开头！  下载的数据默认的存放地址是：~/ncbi/public/sra/。  （也可以参考以下方法下载原始数据，：http://blog.sina.com.cn/s/blog_72512a1d0102x9nl.html）

将下载的数据转换成为合适的格式：

（首先cd到数据的存放地，如cd ~/ncbi/public/sra）

fastq格式--~/sratoolkit2.8.0-ubuntu64/bin/fastq-dump --split-files DRR**_{(要转化的数据号)}

sff格式--~/sratoolkit2.8.0-ubuntu64/bin/sff-dump -A DRR**_{(要转化的数据号)}