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NCBI SRA 高通量数据的下载

已有 9124 次阅读 2016-10-25 09:33 |系统分类:科研笔记

需要安装SRA toolkit:

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=std

以下主要是在linux系统中的操作。


再根据所查到的每一个run的序号,如SRR**(或DRR**)下载数据,可以利用命令prefetch SRR**,需要注意的是,必须是 SRR开头!  下载的数据默认的存放地址是:~/ncbi/public/sra/。  (也可以参考以下方法下载原始数据,:http://blog.sina.com.cn/s/blog_72512a1d0102x9nl.html)


将下载的数据转换成为合适的格式:

(首先cd到数据的存放地,如cd ~/ncbi/public/sra)

fastq格式--~/sratoolkit2.8.0-ubuntu64/bin/fastq-dump --split-files DRR**(要转化的数据号)

sff格式--~/sratoolkit2.8.0-ubuntu64/bin/sff-dump -A DRR**(要转化的数据号)





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